Ιδρύθηκε το 1995 και στεγάζεται σε κτίριο με επιρροές από την τοπική αρχιτεκτονική παράδοση, το οποίο οικοδομήθηκε το 1958 ως «βασιλικό περίπτερο» από τον ελληνικό στρατό, που την εποχή εκείνη είχε στη διαχείρισή του ολόκληρο το χώρο της νοτιοανατολικής ακρόπολης.

Στις επτά αίθουσές του, εκτίθενται γλυπτά αρχιτεκτονικά μέλη, ευρήματα ανασκαφών (νομίσματα, κεραμική, έργα μικροτεχνίας), αποτοιχισμένες τοιχογραφίες, βιβλία, εικόνες και κειμήλια, τα οποία συνοδεύουν επεξηγηματικά κείμενα και εποπτικό υλικό για την ιστορία και την τέχνη της Ηπείρου από τον 4ο μ.Χ. μέχρι τον 19ο αιώνα.

Ο επισκέπτης έρχεται σε επαφή με τις ευημερούσες παλαιοχριστιανικές ηπειρωτικές πόλεις, το κραταιό Δεσποτάτο της Ηπείρου και το καλλιτεχνικό και πνευματικό κέντρο των Ιωαννίνων την περίοδο της οθωμανικής κυριαρχίας. Ιδιαίτερα σημαντική είναι η συλλογή μεταβυζαντινών εικόνων, που αποτυπώνουν την πλούσια και αξιόλογη θρησκευτική τέχνη στην περιοχή.