Δημιουργήθηκε με πρωτοβουλία της Εταιρείας Ηπειρωτικών Μελετών (Ε.Η.Μ.) και του θυγατρικού της Ιδρύματος Μελετών Ιονίου και Αδριατικού Χώρου (Ι.Μ.Ι.Α.Χ.), με στόχο την συγκέντρωση, διάσωση και αξιοποίηση αντικειμένων του Ηπειρωτικού λαϊκού πολιτισμού.

Τα αντικείμενα προέρχονται από δωρεές φιλογενών Ηπειρωτών και αγορές, συγκεντρώθηκαν δε από τον εμπνευστή και δημιουργό του, Κώστα Φρόντζο, πρόεδρο της ΕΗΜ και του ΙΜΙΑΧ.

Το οθωμανικό αρχοντικό του 19ου αι., στο οποίο στεγάζεται το Μουσείο (Μιχ. Αγγέλου 42), χρησιμοποιήθηκε στο παρελθόν για τη στέγαση του Διδασκαλείου Ιωαννίνων (1913-1936), της Ζωσιμαίας Παιδαγωγικής Ακαδημίας (1934-1938 και 1941-1944), του Γυμνασίου Αρρένων και της Δημόσιας Τεχνικής Σχολής Εργοδηγών.