Η Μονή ήταν αρχικά αφιερωμένη στον Άγιο Νικόλαο, γνωστή ως μονή Μεθοδάτων ή Γκιουμάτων, λόγω της σύνδεσης της με τη γνωστή οικογένεια ευεργετών. Αφιερώθηκε στην Παναγία το 1584 μετά τη μεταφορά ομώνυμης εικόνας, σημαντικού έργου της Κρητικής Σχολής. Το μοναστήρι περιλαμβάνει το καθολικό, που κτίστηκε πιθανότατα στις αρχές του 16ου αιώνα στον τύπο της μονόχωρης βασιλικής, και τα κελιά, κτίσματα του 18ου αιώνα.

Οι τοιχογραφίες του καθολικού ανήκουν σε δύο φάσεις. Οι πρωιμότερες ανήκουν στους ζωγράφους Φράγκο και Γεώργιο Κονταρή (α' μισό 16ου αι) και οι μεταγενέστερες στον νάρθηκα στους Καπεσοβίτες ζωγράφους Αναστάσιο και στον γιο του (1759). Ανακαινίστηκε ριζικά τον 18ο αιώνα από το ηγούμενο Νικηφόρο και γνώρισε ιδιαίτερη ακμή το β΄ μισό του 19ου αιώνα, εποχή συνένωσής της με τη γειτονική μονή Μεταμόρφωσης του Σωτήρα. Το 1873 έγινε σταυροπηγιακή, δηλαδή είχε απευθείας εξάρτηση από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Το τέμπλο ανήκει στο τέλος του 18ου αιώνα.